洪武元年，朱元章于应天府登基，册立马氏为皇后。贵为皇后的马氏，依然生活节俭朴素，每天亲自操办朱元章的膳食，体恤朱元章的辛苦，为他打理好后宫的一切。
马皇后从不争风吃醋，一直善待后宫妃嫔，有嫔妃忤逆上意，马皇后也在从中调和。她常常读写古训来教导嫔妃宫女，后宫之人无一不对皇后赞叹有加。
马皇后为人宽厚，她不止善待嫔妃，对宫女也百般仁慈，朱元章曾责备一个犯错的宫女，马皇后也假装生气，让人把宫女送到宫正司定罪，对朱元章说，生气时难免会有偏颇，做帝王的应不因喜怒而随意赏罚。
朱元章脾气火爆、多忌讳好猜疑，登基后更是不加收敛，只有马皇后才能规劝一二。故而朱元章一发怒，群臣就会想到马皇后，马皇后也常常依据事理委婉地劝阻。
在胡惟庸桉件中，很多人都被无辜牵连，宋廉就是其中一位，太子为其求情都丝毫没有效果。正好到了晚膳时间，马皇后准备了一桌素食，声称为宋先生做福事，朱元章闻言放下快子就走了。
不过第二天朱元章还是赦免了宋廉的死罪，足以见的马皇后在朱元章心中的分量，同时也彰显了马皇后的聪明才智。
马皇后不仅为人大度，还善解人意。有一次李希颜稍加惩治一个顽皮的皇子，用笔管打他的脑门，打得次数多了便留下了痕迹，朱元章偶然看见了皇子头上的痕迹，勃然大怒。
这时马皇后在旁边劝说道“乌有以圣人之道训吾子，顾怒之耶”朱元章听了马皇后所言，觉得是这个道理，便没有责罚李颜希，还给他升了官。
马皇后非常爱惜人才，当时太学里，学生有生活补贴，但是妻子和儿女却没有生活依仗。马皇后就征集钱粮，设置红仓，专门储粮供养太学生的妻子儿女，这个善举令人称赞不已。
即使是在死之前，马皇后知道如果自己死了，朱元章一定会拿太医开刀，所以在马皇后要死的时候，马皇后坚持不肯让太医诊治，让朱元章在她死后不要惩罚太医。
弥留之际更是不忘劝谏朱元章“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”
洪武二十四年秋九月二十一日，马皇后薨。
此消息一出，朱元章哭得像个孩子，虽然他是堂堂大明帝国的开国皇帝，但此时此刻却很少有人能体会他的悲痛。而面对马皇后的去世，大臣们的反应则更加激烈，朝会时群臣失声痛哭，甚至哭得比朱元章还要悲伤。
为何大臣们的反应如此强烈甚至比痛失爱妻的朱元章还要悲伤这中间自然是有原因的。尤其是对于明朝的开国大臣们来说，如果让他们选一个一生中最感激、最钦佩的人，那个人肯定不会是朱元章。有明一朝，若论最受群臣拥戴之人，非马皇后莫属。
那么，明朝为何会出现这种奇怪的情况呢这还要从朱元章的出身和马皇后的为人说起。
朱元章的出身想必大家都知道，他从小当过放牛娃，后来为了活命又去当了和尚。再后来时局混乱寺庙也待不下去，他只好出门云游四方，靠着乞讨走遍了大江南北。总的来说，朱元章的人生起点已经是低得不能再低了，他才是真正意义上的布衣皇帝，开局只有一只破碗，刘邦的亭长身份跟他相比的话，简直是一个天上一个地下。
朱元章从小吃了太多的苦，见惯了太多的世间炎凉，这也造就了他坚韧不拔的性格和冷若铁石的心肠。朱元章能够夺取天下，与他的这种性格可以说是有着相当大的关系，倘若不是他这种坚不可摧的性格，恐怕早就淹没在元末的硝烟中了。同时，这种冷酷而又多疑的性格，也让跟随他的人叫苦不迭，深刻体会到了什么叫伴君如伴虎。
朱元章从最底层摸爬滚打，一直做到了明朝的开国皇帝，为人自然是多疑阴狠，倘若不是这种性格，恐怕他也无法走到这一步。然而，对于那些跟随他打江山的人来说，朱元章的这种性格却成了他们的催命符，稍有不慎就有可能被抄家灭族。而在朱元章的身边，唯一能够劝阻他的人，也就只有马皇后了。
朱元章敬重马皇后，这一点与历史上大多数皇帝和皇后之间的关系有很大不同。古代皇帝的婚姻，大多数都是政治联姻，能够始终爱一人的皇帝更是稀少。例如汉武帝，他曾经那么宠爱卫子夫，可后来还不是移情别恋而朱元章却始终对马皇后相敬如宾，因为马皇后是他冷酷性格中的最后一丝柔软。
那么，马皇后又是怎样的一个人呢说起来，这个马皇后恐怕是古代最好的皇后了，从各方面来说，几乎都算得上是个完美之人。朱元章能够成就大业，也是离不开马皇后的默默支持，如果不是有马皇后帮他缓和关系，朱元章能够走到哪一步还真说不一定。八壹
马皇后的性格非常仁慈，而且十分的聪慧，宫里的嫔妃、仆从都对她敬服有加。朱元章的性格非常火爆，每当有宫人或者嫔妃惹朱元章生气，都要去找马皇后求救。因为只有马皇后才能平息朱元章心中的愤怒。
当然，马皇后也并非是那种烂好人，她常常劝说朱元章，倘若宫人犯了错，能绕过的就绕过，实在是犯了大错，也应该交由“宫正司”依大明律审理，而不是由着皇帝喜怒任意惩罚。也正是因为马皇后有这种公正无私的性格，才使得朝中上下都对她敬服有加。
马皇后去世，朱元章自然伤心，哭的也是真情流露。可对于大臣们来说，他们更伤心，因为唯一一个能劝阻朱元章的人也没了。没有了马皇后的劝阻，朱元章会变成什么样这些大臣都跟随朱元章十几年的时间了，自然会对未来感到担忧。事实上，这些大臣之所以悲伤难耐，除了是对马皇后的去世感到伤感之外，还有就是对自己前途的担忧。
马皇后薨的第三天，登州的朱榔接到了应天府的消息，看着一身白孝的送信者，朱榔就知道不好，一个没有站稳，差一点摔倒在地。
好在身边有朱允焕和朱允煊扶着。
与此同时可不仅仅只有朱榔悲痛，倭岛的朱樉和朱棣，马尼拉的朱棡和朱榑，老八朱梓、老九朱杞、老十朱檀收到消息后，大家都是做了一个同样的事情，就立即回去奔丧。
没有一个人敢懈怠，所有人都是悲痛欲绝。
其中当朱标得知自己的母亲薨了之后，直接口吐鲜血，现在在东宫卧床不起，朱榔等皇子花了五天时间的赶到了应天，看到马皇后的遗体之后，所有的皇子都哭成了泪人，而当老朱看到自己孩子们的悲痛欲绝的哭声，也是嚎啕大哭了起来。
随后老朱就又晕了过去，不过，晕的时候，老朱吩咐，因为太子身体和自己的身体都欠安，所以皇后的一切事宜，都交给儿子秦王朱榔来办。
朱榔最后也是当仁不让，最后经过商讨之后，朱榔决定马皇后的丧葬仪式按照宋朝仪式进行，守丧期为27天，整个丧事的程序很复杂，规矩也很繁重。
整个大明一百天之内不能有娶妻纳妾红事之事。
这是很苛刻的，但是所有的普通老百姓也要好好遵守期间的丧事礼谊，不但一百天不娶妻纳妾，还有四十九天里不能进行屠宰，整个应天城陷入了一种悲伤的氛围里。
谁知道就在马皇后下葬当天，天空就下起了倾盆大雨，因为雨下的太大，所以出殡队伍都无法正常出行。
朱元章一看便知道这是不详的预兆，想到最后一程还不能好好送马皇后走，就十分生气。雨越下越大，所以礼部和内务府的人都来劝谏朱元章还是另选吉日出殡，但朱元章无法容忍这种现象发生。他狠狠下令，如果这雨还一直不停，那操持丧葬事宜的人都别想活了，一起去陪葬吧。
此时忙活丧事的人共有一千多人，他们望着一直不停下的大雨，痛心而无奈地祈祷着，但这雨却丝毫没有要停的趋势，反而是越下越大，就在所有人都惶恐不安时，朱榔走了出来对朱元章说了一番话，朱元章瞬间大为感动，赦免了当场所有人的罪过，马皇后的出殡队伍也顺利正常地进行了，有人问朱榔说了，会让朱元章突然变了性子。
朱榔说的是：“爹爹，今天的大雨，说明了娘亲的孝心善良把上天都感动了吗
所以对于娘亲的离去，老天爷都不停的流眼泪，派出了各路神仙为娘亲送行呢，爹爹应对此感到欣慰呀”
朱元章听完心情便平复了下来，然后赦免了所有人的罪过，让出殡在雨中进行了。
就这样，一代贤后马皇后离开了大明，但是马皇后离开了大明之后，朱元章也开始变得有些残暴了起来，有人说会问，为什么会这样。
其实很简单，因为朱元章对马皇后的爱，是真的深沉的。
朱元章的一生，从一无所有的乞丐，到华夏帝国的至尊，其阶层跨越之大，旷古烁今，独此一人。经历过小小阶层跨越的人，其实生活中都会偶尔产生懵懵懂懂抓不住的感觉，好像整个人在飘着，没有现实感。
而朱元章的跨越，比普通人的跨越，要高得多的多的多马皇后，几乎跟他从最底层走到最高层的。而且角色始终不变不管你是乞丐还是皇帝，我是你妻子，一心一意
所以对朱元章来说，马皇后的存在，应该像生命中的一个坐标。失去了马皇后之后，朱元章就真的孤独了，那个从乞丐到皇帝的完整的朱元章不存在了，他真的就只是个皇帝了。
朱元章在马皇后死后的嚎啕大哭，对朱标说“你妈死了”那不是一个失去皇后的皇帝，而是一个失去了老伴的老鳏夫。